北京孔庙，始建于公元十四世纪的元朝。元世祖忽必烈定都北京后，为了加强思想统治，笼络汉族的封建贵族和士大夫，下令袭历代旧典，命宣抚王楫于金枢密院建宣圣庙，祭祀孔子。据《元史?哈刺哈孙传》：“京师久阙孔子庙，而国学寓他署，乃奏建庙学。”至了1302年（元成宗铁木耳大德六年），在今址正式建庙，于1306年（大德十年）建成。根据“左庙右学”的礼制，同年在孔庙西侧，建国子监，又称太学。1307年特诏命孔子加谥为“大成至圣文宣王”，这块“加号诏书”石碑，现仍耸立在大成门前。1331年（元文宗至顺二年），皇帝下诏恩准孔庙配享宫城规制，许孔庙四隅建角楼。元末，孔庙荒废。1411年（永乐九年），又重新整治，并修缮了大成殿。1429年（宣德四年）修整了大成殿及两庑。1530年（嘉靖九年）为祭祀孔子五代先祖，增建崇圣祠。1737年（乾隆二年）皇帝亲谕孔庙使用最高贵的黄琉璃瓦顶，只有崇圣祠仍用绿琉璃瓦顶。这时的孔庙已是红墙黄瓦，金碧辉煌了。到了1906年（光绪三十二年）祭孔的礼节升为大祀，孔庙也大规模地修缮。工程尚未完成，清朝被推翻，但修缮仍继续进行，到了1916年才最后竣工。至此孔庙形成了今天的规模和布局，成为仅次于山东曲阜孔庙的全国第二大孔庙。
北京孔庙规模宏伟，占地广阔，约2.38公顷，古建筑面积约有7400平方米，现有房屋286间，前后共三进院落，中轴线上依序为先师门、大成门、大成殿、崇圣门、崇圣祠五座建筑。大成门外东有碑亭、宰牲亭、井亭、神厨；西有碑亭、致斋所、神库、并有持敬门与国子监相通。据《国子监志》记载，致斋所和宰牲所之南原有更衣亭和更房各一间。
大成门内系中心庙院，院内青砖铺地，苍松翠柏，古树参天。中间一条笔直甬道通向大成殿。甬道两旁浓荫掩映着十一座清代碑亭。甬道西南设有祭奠焚纸燎炉，甬道尽头是巍峨庄严的大成殿。它坐落在以汉白玉雕云头石柱栏杆的月台上。院内东西两侧各有庑殿十九间，左右对称，布局完整。东西庑北端有东西掖房各十间，南端有祭器、乐器库各十二间。东西掖房及两库均为L形平面附属建筑。大成殿面阔9间，进深5间，黄琉璃筒瓦重檐庑殿顶，殿前月台三出陛，殿内供奉孔子及“四配”、“十二哲”。殿前有600余年树龄的古柏一株，名“除奸柏”，亦名“触奸柏”。甬道正中西侧还有一眼古井。清高宗赐名“砚水湖”。大成殿后有崇圣祠，自成院落，为祭祀孔子先祖之地。今辟为首都博物馆，展出北京地区出土的历代珍贵文物。
孔庙的第三进院落最具特色，由崇圣门、崇圣殿和东西配殿组成独立完整的院落，与前二进院落分割明显而又过渡自然，反映出古人在建筑部局上的巧妙构思。这组建筑称为崇圣祠，是祭祀孔子五代先祖的家庙。建于1530年（嘉靖九年），1737年（乾隆二年）重修，并将灰瓦顶改为绿琉璃瓦顶。崇圣殿又称五代祠，面阔五间，进深七檩，殿前建有宽大的月台，月台三面建有垂带踏步各十级。殿内供奉孔子五代先人的牌位及配享的颜回、孔伋、曾参、孟轲四位先哲之父的牌位。东西配殿坐落在砖石台基上，面阔三间，进深五檩，单檐悬山顶，内奉程颐、程颢兄弟、张载、蔡沈、周敦颐、朱熹6位先儒之父。三进院落及其建筑有明确的建筑等级差别和功能区域划分，和谐统一地组成一整套皇家祭祀性建筑群落，是我国古代建筑的杰出代表。
孔庙珍藏丰富古迹众多，而以石刻最为著称。主要有进士题名碑、乾隆石鼓、十三经刻石以及明清石刻碑亭等。
